Merenhoidon toimenpideohjelma koostuu nykytoimenpiteistä (ennen vuotta 2016 käynnistetyt) ja uusista toimenpiteistä (vuodesta 2016 alkaen käynnistetyt). Nykytoimenpiteitä on yhteensä 93 kpl ja uusia toimenpiteitä 29 kpl. Nykytoimenpiteet ovat lainsäädännöllisiä, taloudellisia ja poliittisia ohjauskeinoja. Näitä ovat esimerkiksi lait, kansainväliset sopimukset, erilaiset ohjelmat, strategiat ja sitoumukset. Joitakin nykytoimenpiteitä on toteutettu jo 1960-luvulta lähtien ja niitä päivitetään ajoittain vastaamaan muuttuvia olosuhteita. Nykytoimenpiteisiin luetaan myös vesienhoitosuunnitelmien toimenpideohjelmien sisältämät toimenpiteet, jotka puuttuvat maalta ja merialueelta tulevaan kuormitukseen. Keskeinen kysymys uusia toimenpiteitä asetettaessa oli, että riittävätkö nykyiset toimenpiteet meriympäristön hyvän tilan ylläpitämiseen tai sen saavuttamiseen vuoteen 2020 mennessä. Uusien toimenpiteiden valinnassa tavoiteltiin sitä, että ne täydentävät nykytoimenpiteitä, ovat kustannustehokkaita ja merkittävästi edistävät tavoitteiden saavuttamista.